基因合成的方法主要采用固相亞磷酰胺三酯法，運用此方法的DNA合成儀有很多，常用的有Dr.Oligo 48/96/192/384基因合成儀，可以按照自己的方式配置儀器，最多可配置42種試劑瓶位(4個單體，6個標準合成試劑和32個特殊單體)。
 

　　基因合成采用基因合成儀的優(yōu)勢

　　1、可以保證基因序列的*正確性，無突變；

　　2、合成周期短；

　　3、不受模板來源限制；

　　4、根據(jù)不同應用，設計優(yōu)化基因序列，提高表達水平；
 

　　基因合成方法

　　為了在基因合成前使基因在不同的生物表達系統(tǒng)中良好表達，研究者通常對基因進行密碼子優(yōu)化。 雖然遺傳密碼有64種，但大部分生物傾向于利用這些密碼子的一部分，常用的叫做最佳密碼子，不常用的叫做稀有或利用率低的密碼子。

　　實際用于蛋白質(zhì)表達或生產(chǎn)的生物(包括大腸桿菌、酵母、哺乳動物細胞、植物細胞、昆蟲細胞)均表現(xiàn)出一定程度的密碼子偏好性，因此重組蛋白質(zhì)的表達可能受到密碼子利用的影響(尤其是在異源表達系統(tǒng)中)。

　　在不改變其編碼蛋白的情況下，修飾一個蛋白的編碼基因，去除稀有密碼子，合理優(yōu)化其mRNA二級結構、GC含量等過程稱為密碼子優(yōu)化。 密碼子優(yōu)化原理是根據(jù)所用表達系統(tǒng)的密碼子偏好性，對目標蛋白質(zhì)序列中的每個氨基酸選擇不同的密碼子進行全序列組合，找出其中較好的。